今回のMT改造の覚書（コピペ）をしておきます。
すべて「小粋空間」さまのおかげです！
ありがとうございます！

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全カテゴリーを表示するには MTTopLevelCategories を用いることで実現できます。
テンプレートの下記の赤色部分を青色に変更してください。

変更前
<div class="sidetitle">
Categories
</div>

<div class="side">
<div id="categories">
<MTSubCategories>
<MTSubCatIsFirst><ul></MTSubCatIsFirst>
<MTIfNonZero tag="MTCategoryCount">
<li><a href="<$MTCategoryArchiveLink$>" title="<$MTCategoryDescription$>"><MTCategoryLabel></a> [<$MTCategoryCount$>]
<MTElse>
<li><MTCategoryLabel>
</MTElse>
</MTIfNonZero>
<MTSubCatsRecurse max_depth="3">
</li>
<MTSubCatIsLast></ul></MTSubCatIsLast>
</MTSubCategories>
</div>
</div>

変更後
<div class="sidetitle">
Categories
</div>

<div class="side">
<div id="categories">
<MTTopLevelCategories>
<MTSubCatIsFirst><ul></MTSubCatIsFirst>
<MTIfNonZero tag="MTCategoryCount">
<li><a href="<$MTCategoryArchiveLink$>" title="<$MTCategoryDescription$>"><MTCategoryLabel></a> [<$MTCategoryCount$>]
<MTElse>
<li><MTCategoryLabel>
</MTElse>
</MTIfNonZero>
<MTSubCatsRecurse max_depth="3">
</li>
<MTSubCatIsLast></ul></MTSubCatIsLast>
</MTTopLevelCategories>
</div>
</div>